Полагаю, что и гипотезу «Мир-РНК», которая по принципу «на безрыбье и рак рыба» пока атеистам кажется убедительной, ждет такое же будущее. Открытия, показывающие способность молекул РНК самовоспроизводиться, а также выполнять ферментативные функции, привели к возникновению гипотезы мира РНК. Последние новости дня на этот час. В новом прорыве, который может кардинально изменить наше понимание происхождения жизни на Земле, исследователи из Брукхейвенской национальной лаборатории обнаружили свидетельства гипотезы РНК-мира. (Различные аспекты гипотезы мира РНК и подтверждающие ее данные основательно рассмотрены в одноименной книге, вышедшей в 2010 г. в 4-м издании: Atkins et al., 2010.).
Тайна появления жизни на Земле
Проблемы «Мира РНК» Несмотря на огромную популярность гипотезы «Мира РНК», накапливается все больше данных, указы-вающих на существование препятствий, которые делают эту гипотезу чрезвычайно маловероятной. Поэтому многие учёные придерживаются гипотезы "мира РНК", согласно которой РНК появилась на Земле раньше, чем ДНК. В конце концов, был написан сценарий «Мир РНК», согласно которому сначала якобы образовалась РНК, содержащая информацию о белке, а затем и сам белок. Ученые из Брукхейвенской национальной лаборатории раскрывают новые доказательства гипотезы РНК-мира, согласно которой первые репликаторы на Земле были РНК-молекулами. Мир РНК — это красивая гипотеза о самозарождении жизни, и вчера ее доказательство стало на шаг ближе.
Содержание
- Многообещающая, даже фундаментальная работа
- Эффективный полимеразный рибозим подкрепил гипотезу мира РНК
- Ученые нашли новое потенциальное объяснение возникновению жизни на Земле
- Ученые обнаружили новые доказательства гипотезы РНК-мира
- Почему РНК не хватало
Американские ученые выявили новое объяснение возникновения жизни на Земле
Долгое время было неясно, как такая молекула могла возникнуть из своих предшественников, лишенных каталитической активности. Исследователи обнаружили, что рибозим, способный расщеплять другие молекулы, может возникнуть спонтанно, так как его функционирование требует всего нескольких классических компонентов. Однако оставалась проблема - как именно это свойство сохранилось в процессе биохимической эволюции. Чтобы прояснить этот вопрос, ученые разработали модель, имитирующую случайные разрывы в простых молекулах РНК без ферментативной активности.
Исследователи разработали модель, которая имитирует случайные разрывы в простых молекулах РНК, лишенные ферментативной активности. В результате возникали короткие цепочки РНК, которые действовали как праймеры — затравки для синтеза более длинных цепей РНК. Этот неферментативный механизм приводил к образованию большого количества копий разрушенного полимера, подобно тому, как регенерируют черви, разрезанные на сегменты. Во второй модели способные к спонтанному образованию рибозимы, катализирующие расщепление, были добавлены к пулу полимерных РНК-цепочек, которых они разрезали при столкновении. Полимерные цепочки способны спариваться определенным образом.
Эта пара и привела ее в центр Атлантического океана. В этом месте земная кора треснула и с морского дна поднялся хребет гор. На этом хребте Келли обнаружила поле гидротермальных источников, которое назвала «Потерянным городом». Они не были похожи на обнаруженные Корлиссом. Вода вытекала из них при температуре 40-75 градусов по Цельсию и была слегка подщелоченной. Карбонатные минералы из этой воды слипались в крутые белые «столбы дыма», которые поднимались с морского дна подобно трубам органа. На вид они жуткие и призрачные, но это не так: в них обитает множество микроорганизмов. Эти щелочные жерла идеально вписывались в идеи Расселла. Он твердо поверил в то, что жизнь появилась в таких «потерянных городах». Но была одна проблема. Будучи геологом, он знал не так много о биологических клетках, чтобы убедительно представить свою теорию. Столб дыма «черной курилки» Поэтому Расселл объединился с биологом Уильямом Мартином. В 2003 году они представили улучшенный вариант прежних идей Расселла. И это, наверное, самая лучшая теория появления жизни на данный момент. Благодаря Келли, теперь они знали, что породы щелочных источников были пористыми: они были усеяны крошечными отверстиями, наполненными водой. Эти крошечные кармашки, предположили они, действовали в качестве «клеток». В каждом кармашке находились основные химические вещества, в том числе и пирит. В сочетании с естественным протонным градиентом от источников, они были идеальным местом для начала метаболизма. После того, как жизнь научилась использовать энергию вод источников, говорят Расселл и Мартин, она начала создавать молекулы вроде РНК. В конце концов, она создала себе мембрану и стала настоящей клеткой, сбежав из пористой породы в открытую воду. Такой сюжет в настоящее время рассматривается в качестве одной из ведущих гипотез о происхождении жизни. Клетки бегут из гидротермального источника В июле 2016 года он получил поддержку, когда Мартин опубликовал исследование, реконструирующее некоторые детали « последнего универсального общего предка » LUCA. Это организм, который жил миллиарды лет назад и от которого произошла вся существующая жизнь. Едва ли мы когда-нибудь найдем прямые окаменевшие доказательства существования этого организма, но тем не менее вполне можем делать обоснованные предположения о том, как он выглядел и чем занимался, изучая микроорганизмы наших дней. Это и проделал Мартин. Он исследовал ДНК 1930 современных микроорганизмов и идентифицировал 355 генов, которые были почти у всех. Это убедительно говорит о передаче этих 355 генов, через поколения и поколения, от общего предка — примерно того времени, когда жил последний универсальный общий предок. Эти 355 генов включают некоторые для использования протонного градиента, но для генерации оного — нет, как и предсказывали теории Расселла и Мартина. Более того, LUCA, похоже, был адаптирован к присутствуют химических веществ вроде метана, что наводит на мысли, что он населял вулканически активную среду — по типу жерла. Сторонники гипотезы «мира РНК» указывают на две проблемы в этой теории. Одну можно поправить; другая может быть фатальной. Гидротермальные источники Первая проблема в том, что экспериментальных доказательств описанных Расселлом и Мартином процессов нет. У них есть пошаговая история, но ни один из этих шагов не наблюдался в лаборатории. Он построил «реактор происхождения жизни», который имитирует условия внутри щелочного источника. Он надеется увидеть метаболические циклы, а может даже и молекулы вроде РНК. Но пока еще рано. Вторая проблема заключается в расположении источников в глубоком море. Как отмечал Миллер в 1988 году, длинноцепочечные молекулы вроде РНК и белков не могут формироваться в воде без вспомогательных ферментов. Для многих ученых это фатальный аргумент. И все же Расселл и его союзники остаются оптимистами. И только в последнее десятилетие на первый план вышел третий подход, подкрепленный серией необычных экспериментов. Он обещает нечто, чего не удалось добиться ни «миру РНК», ни гидротермальным источникам: способ создать целую клетку с нуля. Часть пятая: так как же всё-таки создать клетку? К началу 2000-х годов ученые выделили две ведущие идеи о том, как могла появиться жизнь. Сторонники «РНК-мира» были убеждены, что жизнь началась с самовоспроизводящейся молекулы. В то же время ученые в лагере «сначала метаболизм» считают, что жизнь могла появиться в гидротермальных жерлах на дне океана. И все же на передний план вышла третья идея. Каждое живое существо на Земле состоит из клеток. Каждая клетка — это по сути мягкий шарик, мешочек, с жесткой внешней стенкой, или «мембраной». Задача клетки — удерживать все предметы первой необходимости вместе. Если наружная стенка порвется, внутренности выльются наружу и клетка умрет — так же, как и выпотрошенный человек. Человечество изменило сушу до неузнаваемости. Но что насчет воды? Наружная стенка клетки настолько важна, что некоторые исследователи происхождения жизни даже считают, что она появилась прежде всего. Они считают, что подходы «сперва генетика», который мы обсудили во второй части, и «сперва метаболизм», который мы обсудили в четвертой части, ошибочны. Все живые предметы состоят из клеток Идея Луизи проста, и с ней трудно спорить. Каким образом вы собрались создавать рабочую метаболическую систему или самовоспроизводящуюся РНК, каждый из которых опирается на наличие большого количества химических веществ в одном месте, если вы сначала не сделаете контейнер, который удерживает все молекулы вместе. Если вы с этим согласны, есть только один способ, с которого могла начаться жизнь. Каким-то образом, в жаре и буре ранней Земли, неколько сырых материалов сложились в грубые клетки, или «протоклетки». Осталось только повторить это в лаборатории: создать простую живую клетку. Идеи Луизи можно проследить аж до Александра Опарина и рассвета науки о происхождении жизни в СССР, которых мы обсудили в первой части. Опарин подчеркнул тот факт, что некоторые химические вещества образуют сгустки — коацерваты — которые могут держать другие вещества внутри. Он предположил, что коацерваты были первыми протоклетками. Любое жирное или маслянистое вещество будет образовывать сгустки или пленки в воде. Эти химические вещества известны в общем как липиды. Соответственно, гипотезу о том, что с них начала жизнь, назвали «липидным миром». Но просто сформировать сгустки недостаточно. Они должны быть стабильными, уметь делиться на «дочерние» сгустки и хоть немного контролировать, что проходит внутрь и выходи наружу — и все это без сложных белков, которые используют современные клетки для этих задач. Появилась задача собрать такие протоклетки из всего необходимого материала. Несмотря на множество попыток за много лет, Луизи так и не сделал ничего хоть мало-мальски убедительного. И тогда, в 1994 году, он осмелился сделать дерзкое предположение. Он предположил, что первые протоклетки должны были содержать РНК. Более того, эта РНК должна была уметь воспроизводиться внутри протоклетки. Как-то клетка все же появилась И вот, его гипотеза стала очень сложной и отошла от чистого подхода «сперва компартментализация». Но у Луизи были веские доводы. Клетка с внешними стенками, но без внутренностей, мало что может. Возможно, она могла бы делиться на дочерние клетки, но не передавала бы никакой информации о себе потомству. Она могла начать развиваться и становиться более сложной только при наличии некоторых генов. Вскоре эта идея обрела сильного сторонника в лице Джека Шостака, работу которого на тему «мира РНК» мы изучили в третьей части. Луизи был членом лагеря «сперва компартментализация», Шостак поддерживал «сперва генетику», и много лет они не встречались с глазу на глаз. Почти вся жизнь одноклеточная «Мы встречались на собраниях на тему происхождения жизни и затевали эти длинные дискуссии на тему того, что было важнее и что пришло первым», вспоминает Шостак. Мы пришли к общему мнению, что для возникновения жизни важно иметь и компартментализацию, и генетическую систему». В 2001 году Шостак и Луизи изложили свое видение этого единого подхода. В работе, опубликованной в Natire, они заявили, что должно быть возможность создать простую живую клетку с нуля, разместив реплицирующуюся РНК в обычной капле жира. Очень скоро Шостак решил полностью посвятить себя ей. Рассудив, что «мы не можем излагать эту теорию, ничем ее не подкрепив», он решил начать экспериментировать с протоклетками. Спустя два года Шостак и двое его коллег объявили о большом успехе. Везикулы — это простые контейнеры, состоящие из липидов Они экспериментировали с везикулами: сферическими каплями с двумя слоями жирных кислот на внешней стороне и центральным жидким ядром. Пытаясь найти способ ускорить создание везикул, они добавили малые частички глины под названием монтмориллонит. Везикулы начали формироваться в 100 раз быстрее. Поверхность глины выступили катализатором, как некий фермент. Более того, везикулы могли поглощать как частицы монтморрилонита, так и цепи РНК с поверхности глины. Теперь эти протоклетки уже содержали гены и катализатор, и все из одной простой добавки. Решение добавить монтмориллонит было принято не просто так. За несколько десятилетий много работ предположили, что монтмориллонит и подобные ему глины могли иметь важное значение для происхождения жизни. Кусок монтмориллонита Монтмориллонит — это обычная глина. В настоящее время она используется для самых разных дел, из нее даже кошачий наполнитель делают. Образуется она, когда вулканический пепел расщепляется погодой. Поскольку ранняя Земля изобиловала вулканами, кажется вероятным, что на ней было и много монтмориллонита. Еще в 1986 году химик Джеймс Феррис показал, что монтмориллонит выступает катализатором, который помогает формироваться органическим молекулам. Позже он обнаружил, что глина также ускоряет формирование малых РНК. Заходите в наш специальный Telegram-чат. Там всегда есть с кем обсудить новости из мира высоких технологий. И тогда Феррис предположил, что эта невзрачная глина могла быть местом зарождения жизни. Шостак принял эту идею и включил ее в работу, используя монтмориллонит для строительства своих протоклеток. Годом спустя Шостак обнаружил, что его протоклетки могут расти сами по себе. Чем больше молекул РНК оказывалось в протоклетке, тем выше было давление на наружную стенку. Похоже, желудок протоклетки был забит и она была готова сходить по-большому. Чтобы компенсировать это, протоклетка приняла больше жирных кислот и включила их в стенки, благодаря чему раздулась еще больше и ослабила напряжение. Что важно, она взяла жирные кислоты из других протоклеток, в которых было меньше РНК, заставив их сократиться. Будто бы протоклетки соперничали и та, у которой было больше РНК, побеждала. Но если протоклетки могут расти, может они и делиться могут? Сможет ли протоклетка Шостака воспроизвести себя? Клетки делятся на два Первые эксперименты Шостака показали, что способ деления протоклеток действительно есть. Если сжать ее в небольшом отверстии и вытянуть в трубочку, протоклетка разрывается, формируя «дочерние» протоклетки. Эта идея была неплохой, потому что в ней не участвовал никакой клеточный механизм: просто давление. Но такое решение было не самым лучшим, поскольку протоклетки теряли часть содержимого в этом процессе. Это также означало, что первые клетки могли делиться лишь проталкиваясь через крошечные отверстия. Существует множество способов заставить везикулы делиться. Например, можно добавить сильный поток воды. Осталось только заставить протоклетки делиться и не терять кишки. В 2009 году Шостак и его студент Тинг Чжу нашли решение. Они сделали немного более сложные протоклетки с наружными стенками в несколько слоев, напоминающие слои лука. Несмотря на такую сложность, эти протоклетки все еще было просто создать. Когда Чжу кормил их жирными кислотами, протоклетки росли и меняли форму, вытягиваясь в длинные канатоподобные цепочки. После того, как протоклетка становилась достаточно длинной, легкой приложенной силы достаточно, чтобы разбить ее на десятки мелких дочерних протоклеток. Более того, протоклетки могли повторять цикл постоянно, дочерние протоклетки росли и делились. Эту часть проблему, похоже, решили. В последующих экспериментах Чжу и Шостак нашли еще больше способов заставить протоклетки делиться. Но все равно протоклеткам многого недоставало. Чтобы показать, что его протоклетки могли быть первой жизнью на Земле, Шостаку нужно было заставить РНК внутри них воспроизводиться. В будущем мир ожидает спад рождаемости. Что это значит для человечества? Это было нелегко, поскольку, несмотря на десятилетия попыток — изложенных в третьей части, — никто так и не смог заставить РНК самовоспроизводиться. Эта же проблема загнала Шостака в угол в ходе его первых работ над «миром РНК», и никому другому не удалось ее решить. Поэтому он вернулся и перечитал работу Лесли Оргела, который так долго работал над гипотезой РНК-мира. В этих пыльных бумагах обнаружились ценные подсказки. Оргел провел много времени с 1970-х по 1980-е, изучая копирование цепей РНК. Первая клетка должна была вмещать химию жизни По сути все просто. Возьмите одну цепь РНК и набор свободных нуклеотидов. Затем, используя эти нуклеотиды, соберите вторую цепь РНК, комплементарную первой. Сделав это дважды, вы получите копию оригинальной «CGC», только окольным путем. Оргел обнаружил, что при определенных обстоятельствах цепи РНК могут копироваться таким образом без какой-либо помощи ферментов. Возможно, именно так первая жизнь создала копии своих генов. К 1987 году Оргел мог взять цепь РНК длиной в 14 нуклеотидов и создать дополняющие цепи длиной тоже в 14 нуклеотидов. Больше ему сделать не удалось, но этого было достаточно, чтобы заинтриговать Шостака. Его ученица Катажина Адамала попыталась запустить такую реакцию в протоклетках. Они обнаружили, что для работы такой реакции нужен магний. Но магний уничтожил протоклетки. Впрочем было и простое решение: цитрат, который почти идентичен лимонной кислоте и который присутствует во всех живых клетках. В исследовании, опубликованном в 2013 году, они добавили цитрат и обнаружили, что тот обволок магний, защищая протоклетки и позволяя шаблону продолжать копироваться. Другими словами, им удалось сделать то, что Луизи предлагал в 1994 году. Протоклетки Шостака могут жить в сильном тепле Всего за десять лет исследований команде Шостака удалось совершить невероятное. Они создали протоклетки, которые сохраняют свои гены, при этом забирая полезные молекулы снаружи. Эти протоклетки могут расти и делиться и даже соперничать между собой. РНК может воспроизводиться внутри них. С какой стороны ни посмотри, они были похожи на первую жизнь. Как собаки понимают человеческий язык? Еще они были весьма устойчивыми. В 2008 году группа Шостака обнаружила, что эти протоклетки могут переживать нагрев до 100 градусов по Цельсию, температуры, которая уничтожает большинство современных клеток. Следовательно, эти протоклетки были похожи на первую жизнь, которая должна была переживать сильное тепло от постоянных ударов метеоритов. Тем не менее, на первый взгляд, подход Шостака идет вразрез с 40 годами исследований происхождения жизни. Вместо того чтобы озадачиться «сперва воспроизводством» или «сперва компартментализацией», он решил делать оба дела сразу. Молекулы жизни ведут себя крайне сложно Это открывает путь к новому подходу к поиску происхождения жизни — единому, объединенному, унифицированному подходу. Он должен охватить все функции первой жизни сразу и одновременно. Эта гипотеза «сперва всё» уже насобирала достаточно свидетельств и может решить все проблемы существующих идей. Часть шестая: великое объединение На протяжении второй половины 20-го века исследователи происхождения жизни работали каждые в своем лагере. Каждая группа настаивала на собственной версии развития событий и старалась уничтожить конкурирующие гипотезы. Такой подход был безусловно успешным, о чем свидетельствуют предыдущие главы, но каждая перспективная идея о происхождении жизни в конечном счете наталкивалась на серьезную проблему. Так что некоторые исследователи сейчас пытаются найти более единый подход. Несколько лет назад эта идея получила мощный толчок, благодаря результату, поддерживающему устоявшуюся теорию «мира РНК». К 2009 году у сторонников мира РНК была большая проблема. Они не могли сделать нуклеотиды, строительные блоки РНК, как если бы это происходило в условиях ранней Земли. Это и привело людей к мысли, что первая жизнь вовсе не была построена на РНК, как мы выяснили в третьей части. Земля — единственное место, где есть жизнь. Пока Джон Сазерленд думал об этой проблеме с 1980-х. Большинство научно-исследовательских институтов заставляют своих сотрудников постоянно генерировать новые работы, но LMB нет. Поэтому Сазерленд мог хорошенько обдумать, почему сделать нуклеотид РНК так сложно, и провел годы, разрабатывая альтернативный подход. Его решение привело его к совершенно новой идее о происхождении жизни: все ключевые компоненты жизни могли сформироваться одновременно. Каждый нуклеотид РНК состоит из сахара, основания и фосфата. Но заставить сахар и основание соединиться оказалось невозможно. Молекулы просто не той формы. Поэтому Сазерленд начал пробовать совершенно другие вещества. В конечном счете его команда пришла к пяти простым молекулам, включая другой сахар и цианамид, родственный цианиду. Эти химические вещества пропустили через цепочку реакций и в конечном итоге сделали два из четырех нуклеотидов РНК, не делая отдельные сахара или основания. Это был ослепительный успех, который сделал Сазерленду имя. Многие наблюдатели интерпретировали эти результаты как еще одно доказательство в пользу мира РНК. Но сам Сазерленд так не считал. Но Сазерленд говорит, что это безнадежно оптимистично. Он считает, что РНК принимала важное участие, но на ней все клином не сходилось. Вместо этого он вдохновился одной из последних работ Шостака, которая как мы выяснили в пятой части совмещала РНК-мир «сперва воспроизводства» с идеями «сперва компартментализации» Пьера Луиджи Луизи. Сазерленд пошел еще дальше. Его подход представлял собой «сперва всё». Он хотел, чтобы цельная клетка собралась сама по себе с нуля. К этому его привела странная деталь в его синтезе нуклеотидов, которая сначала казалась случайной.
Антикодон комплементарен кодону , переносимому мРНК, которая определяет порядок сборки аминокислот рибосомой. Особенность тРНК в том, что, несмотря на свой небольшой размер, она частично состоит из множества нуклеотидов , которые не встречаются в других местах. Таким образом, эти «экзотические» нуклеотиды имели пребиотическое происхождение, остатки мира РНК. Таким образом, эти компоненты присутствуют во всех трех сферах жизни. Для Мари-Кристин Морель «последние играют фундаментальную роль в жизни, и их старшинство не вызывает сомнений». Еще одна удивительная структура: в вирусе TYMV вирус желтой мозаики турнепса инициация трансляции вирусного генома в белок осуществляется через структуру типа тРНК, которая инициирует собственную трансляцию и фиксирует аминокислоту. Структура вируса PSTV. РНК и наследственность РНК играет роль в передаче активности генов: такой механизм называемый эпигенетикой не связан с ДНК и может служить доказательством способности РНК участвовать в « наследственности». В результате использование ДНК в качестве опоры для генетической информации позволило уменьшить количество ошибок при дублировании генов и, следовательно, увеличить их длину и, следовательно, сложность связанного с ними метаболизма. Однако не способность разрешать сложный метаболизм может составлять селективное преимущество для этого перехода, поскольку начальный переход требует установления метаболических путей, связанных с ДНК, что изначально влечет за собой затраты, которые не сразу компенсируются преимуществом, заключающимся в том, что может обеспечить более сложный метаболизм. Некоторые ученые например, вирусолог Патрик Фортерр из Института генетики и микробиологии в Орсе полагают, что именно вирусы являются «изобретателями» ДНК. Фактически известно, что некоторые современные вирусы изменяют свою ДНК, чтобы сделать ее устойчивой к нуклеазным ферментам своего хозяина путем метилирования, гидроксиметилирования и т. Можно представить, что форма маскировки для РНК-вируса заключалась в том, чтобы просто деоксигенировать рибозу, создавая предковую ДНК, образованную урацилом. На втором этапе эти вирусы заменили бы группу урацила на группу тимина, следуя тому же синтезу, что и для современной ДНК. При таком сценарии первоначально РНК-вирусы приобрели бы систему двойной трансляции: первую систему для восстановления РНК до ДНК типа рибонуклеотидредуктазы и систему обратной транскрипции. Передача микробам Также кажется, что существует небольшая гомология между ферментами, необходимыми для репликации, репарации и рекомбинации ДНК у эубактерий , архей и эукариот : их общий предок, следовательно, не имел определенного количества этих ферментов ненужных при отсутствии генома ДНК. Эти белки затем появились бы независимо в каждой основной линии возможно, в некоторых случаях из вирусных генов. Большое филогенетическое распространение Несмотря на большое структурное и функциональное разнообразие, распределение РНК позволяет заново открыть деление живых существ. Таким образом, небольшие ядрышковые РНК являются общими только у архей и эукариот, теломеразная РНК присутствует только у эукариот, в то время как прокариоты являются единственными, кто обладает тмРНК. Эффективность белка «Четвертичная» структура белка. Эти белки являются очень эффективными катализаторами, а не рибозимов.
Ученые нашли новое потенциальное объяснение возникновению жизни на Земле
Согласно гипотезе «РНК-мира», когда первая такая молекула появилась на планете, она служила и материалом генетического хранения, и функциональным элементом для катализации химических реакций, а ДНК и белки развились намного позже. Сегодня Зоя Андреева рассматривает гипотезу РНК-мира, необязательно верную, но способную свергнуть центральную догму. В ходе исследование специалисты усомнились в достоверности гипотезы РНК-мира, предполагающей то, что первыми способными к размножению структурами были РНК-молекулы. Сторонники гипотезы РНК-мира считают, что на начальном этапе зарождения жизни на нашей планете возникли автономные РНК-системы, которые катализировали «метаболические» реакции (например, синтеза новых рибонуклеотидов) и самовоспроизводились. Так возникла гипотеза «РНК-мира». Ученым из США удалось получить ее первое подтверждение.
РНК-мир: открыто происхождение жизни на Земле
В результате использование ДНК в качестве опоры для генетической информации позволило уменьшить количество ошибок при дублировании генов и, следовательно, увеличить их длину и, следовательно, сложность связанного с ними метаболизма. Однако не способность разрешать сложный метаболизм может составлять селективное преимущество для этого перехода, поскольку начальный переход требует установления метаболических путей, связанных с ДНК, что изначально влечет за собой затраты, которые не сразу компенсируются преимуществом, заключающимся в том, что может обеспечить более сложный метаболизм. Некоторые ученые например, вирусолог Патрик Фортерр из Института генетики и микробиологии в Орсе полагают, что именно вирусы являются «изобретателями» ДНК. Фактически известно, что некоторые современные вирусы изменяют свою ДНК, чтобы сделать ее устойчивой к нуклеазным ферментам своего хозяина путем метилирования, гидроксиметилирования и т. Можно представить, что форма маскировки для РНК-вируса заключалась в том, чтобы просто деоксигенировать рибозу, создавая предковую ДНК, образованную урацилом. На втором этапе эти вирусы заменили бы группу урацила на группу тимина, следуя тому же синтезу, что и для современной ДНК.
При таком сценарии первоначально РНК-вирусы приобрели бы систему двойной трансляции: первую систему для восстановления РНК до ДНК типа рибонуклеотидредуктазы и систему обратной транскрипции. Передача микробам Также кажется, что существует небольшая гомология между ферментами, необходимыми для репликации, репарации и рекомбинации ДНК у эубактерий , архей и эукариот : их общий предок, следовательно, не имел определенного количества этих ферментов ненужных при отсутствии генома ДНК. Эти белки затем появились бы независимо в каждой основной линии возможно, в некоторых случаях из вирусных генов. Большое филогенетическое распространение Несмотря на большое структурное и функциональное разнообразие, распределение РНК позволяет заново открыть деление живых существ. Таким образом, небольшие ядрышковые РНК являются общими только у архей и эукариот, теломеразная РНК присутствует только у эукариот, в то время как прокариоты являются единственными, кто обладает тмРНК.
Эффективность белка «Четвертичная» структура белка. Эти белки являются очень эффективными катализаторами, а не рибозимов. Точно так же в живом мире 20 аминокислот , но только четыре нуклеотида, поэтому белки намного разнообразнее РНК. Поэтому с эволюционной точки зрения маловероятно, чтобы белок-фермент был заменен ферментом РНК. И наоборот, если РНК появились задолго до появления белков, вполне вероятно, что они были заменены более эффективными белками.
Этот аргумент подтверждается тем фактом, что РНК играет роль в синтезе белка благодаря своей фундаментальной роли в современных рибосомах. Следовательно, РНК каким-то образом привела бы к появлению белков. Следовательно, белки, используемые в структуре рибосомы, должны были появиться позже: первые белки были бы выбраны в соответствии с их способностью улучшать функционирование рибозимов, чтобы в конечном итоге их заменить. Трудности Такие фундаментальные и древние явления очень трудно обосновать, так как долгая эволюция во многом стерла их возможные следы. РНК - сложная и хрупкая молекула.
Такой вывод сделал физик из Массачусетского технологического института Джереми Ингланд. Он рассчитал, сколько требуется энергии на воспроизводство жизни. Оказалось, что самовоспроизведение молекулы РНК термодинамически значительно проще и энергетически выгодней, чем молекулы ДНК. РНК - рибонуклеиновая кислота - играет важнейшую роль в жизнедеятельности всех живых организмов, участвуя в синтезе белков и образовании генетического материала. Вначале "первородство" отдавали белкам, так как считалось, что без них вообще ничего не может появиться. Ведь одна ДНК сама по себе ничего не сделает. Что касается РНК, то ее вообще не замечали.
Тогда-то и возникла гипотеза о РНК-мире. Суть в том, что сначала на Земле существовали только универсальные РНК, и только потом стали появляться "специалисты", которые выполняли те же самые функции, но лучше. Первыми возникли белки, потом ДНК, как более стабильный и совершенный архив наследственной информации. РНК отошла на второй план, "играя" вспомогательные роли. Однако новые исследования показали, что это ошибочное представление. РНК вовсе не статист, она участвует в ключевых процессах, в том числе в синтезе белка. Сегодня гипотеза РНК-мира является наиболее признанной в мировой науке.
Если РНК-лигаза, которую синтезировал данный вариант РНК-полимеразы, была функциональна, то она сшивала разрыв, и вся конструкция могла быть выделена с помощью бусин со стрептавидином. К сожалению, мы не можем показать эту иллюстрацию, так как статья закрытая. В итоге удалось получить рибозимы, обладающие необходимой — беспрецедентно высокой, подчеркивают авторы — точностью. Лучше всего показал себя рибозим, отличающийся от ранее полученного варианта десятью точечными мутациями и обозначенный 71-89 для его получения потребовался в общей сложности 71 раунд эволюции. Затем авторы сравнили новую высокоточную РНК-полимеразу и РНК-полимеразу с низкой точностью по способности синтезировать hammerhead и проводить раунды его эволюции. Процесс был организован так же, как в эксперименте 2020 года: о качестве полимеризации говорила способность готовой РНК-структуры к саморасщеплению, соответственно, успешные молекулы hammerhead «проходили в следующий тур» и становились матрицами для синтеза новых копий. Полимераза с низкой точностью могла поддерживать каталитические свойства субстрата лишь в течение нескольких поколений. Высокоточная полимераза не только справилась с этой задачей на протяжении восьми раундов, но и создала молекулы, превосходящие стартовый вариант по «приспособленности» интересно, что они могли хуже разрезать сами себя, но лучше копировались полимеразой. Таким образом, впервые рибозимы in vitro были использованы для репликации и эволюции других функциональных РНК.
Смотрите также
- Научно: Панспермия
- Смотрите также
- Навигация по записям
- Подписка на дайджест
Получено экспериментальное подтверждение гипотезы РНК-мира
Генетическая информация в виде цепочек ДНК копируется и передается от поколения к поколению. Но как обстояло дело до появления клеток и ДНК? В 1968 году химик Лесли Орджел опубликовал статью, в которой описал возможность существования жизни на Земле исключительно в виде рибонуклеиновых кислот, которые были способны передавать информацию безо всяких белков.
Ученым из США удалось получить ее первое подтверждение. Ученые многие годы ищут ответ на вопрос, могут ли РНК быть предшественниками жизни в известном нам виде. Исследование специалистов из США преподносит новые доказательства в поддержку гипотезы «РНК-мира» — существования жизни до появления белков и ДНК, в виде рибонуклеиновых кислот. Им удалось получить в лаборатории особую молекулу РНК, запускающую воспроизводство других РНК и появление у них мутаций. Авторы описывают фермент РНК, способный создавать точные копии других функциональных нитей РНК, позволяя со временем возникать новым вариантам этой молекулы. Это значит, что самые ранние формы эволюции могли возникнуть на молекулярном уровне в РНК.
Исследование опубликованно в журнале Nature , кратко о нем пишет Scientific American. Используя химическую систему на основе цианистого водорода, имитирующую среду ранней стадии развития Земли, исследователи создали четыре основания, своего рода «буквы» генетического алфавита. Соединенные вместе они образуют последовательности генов, которые клетки переводят в белки. Удивительно, что из четырех молекулярных оснований два были в форме, обнаруженной в ДНК, а два другие — в виде, существующем в РНК.
В 1968 году химик Лесли Орджел опубликовал статью, в которой описал возможность существования жизни на Земле исключительно в виде рибонуклеиновых кислот, которые были способны передавать информацию безо всяких белков. Впоследствии эту идеи развили другие ученые.
Так возникла гипотеза «РНК-мира». Ученым из США удалось получить ее первое подтверждение. Ученые многие годы ищут ответ на вопрос, могут ли РНК быть предшественниками жизни в известном нам виде. Исследование специалистов из США преподносит новые доказательства в поддержку гипотезы «РНК-мира» — существования жизни до появления белков и ДНК, в виде рибонуклеиновых кислот.
Американские ученые выявили новое объяснение возникновения жизни на Земле
Одна из научных гипотез предполагает, что первоначально на Земле существовали несвязанные молекулы РНК, возможно, вместе с белками и другими органическими веществами. Строение РНК Типы РНК Гипотеза РНК мира. Одной из главных теорий является гипотеза "РНК-мира", согласно которой первые формы жизни возникли благодаря РНК-репликазе, способной копировать себя и другие молекулы РНК. Альтернативная гипотеза называется гипотезой первичного майонеза и говорит о том, что липиды, то есть вещества, образующие мембраны, были с самого начала и окружали молекулы РНК.
22-M. «Мир РНК» . ПРОСТЫЕ ДОКАЗАТЕЛЬСТВА СУЩЕСТВОВАНИЯ ТВОРЦА
В 1964 г. Темин выдвинул гипотезу о существовании вирусспецифичного фермента, способного синтезировать на РНК-матрице комплементарную ДНК. Согласно гипотезе «РНК-мира», когда первая такая молекула появилась на планете, она служила и материалом генетического хранения, и функциональным элементом для катализации химических реакций, а ДНК и белки развились намного позже. А раз так, то верна гипотеза о том, что РНК должны была возникнуть на Земле раньше, чем ДНК.
Американские ученые выявили новое объяснение возникновения жизни на Земле
Удивительно, что из четырех молекулярных оснований два были в форме, обнаруженной в ДНК, а два другие — в виде, существующем в РНК. Эта работа подрывает так называемую «гипотезу мира РНК», которая утверждает, что РНК сформировала основу биосферы Земли задолго до того, как появились ДНК и другие молекулы, важные для жизни, хотя доказательств этого было недостаточно. Стоит отметить, что ученые, не участвовавшие в исследовании, ставят под сомнение достоверность условий, созданных для исследования. Фрэнсис Уэстолл, директор группы экзобиологии в Центре молекулярной биофизики французского Национального центра научных исследований в Орлеане, отмечает, что формирование оснований требует очень специфических условий.
Если повторить процесс, получится четыре цепочки, а после n повторений — 2nмолекул ДНК. Все очень просто. Изобретение ПЦР и разработка методов химического синтеза ДНК позволили создать потрясающую технологию молекулярной селекции. Принцип молекулярной селекции тоже прост: сначала синтезируется множество молекул, обладающих разными свойствами так называемая молекулярная библиотека , а затем из этой смеси отбираются молекулы с желаемым свойством. Библиотеки нуклеиновых кислот — это смеси молекул, имеющих одинаковую длину, но отличающихся последовательностью нуклеотидов. Поскольку обычно используются участки длиной 30—60 мономеров, то в результате синтеза получается от 430 до 460 разных молекул! Цифры, привычные разве что для астрономов. В результате получается библиотека уже одноцепочечных РНК. РНК, способную связывать определенные молекулы. С последних же можно считывать искомые РНК-аптамеры, а затем — размножать их методом ПЦР в неограниченных количествах.
Конечно, так происходит в идеальном случае, на практике все получается сложнее. Обычно исходный препарат РНК содержит огромный избыток «по-сторонних» молекул, избавиться от которого трудно. С помощью такого метода были получены тысячи разных РНК-аптамеров, которые образуют специфические комплексы с различными органическими соединениями и молекулами. Рассмотренная схема молекулярной селекции может быть применена для получения молекул с любыми свойствами. Делайте Ваш Заказ! Метод молекулярной селекции обладает очень большими возможностями. С его помощью можно решать задачи поиска нужных молекул даже в том случае, если исходно нет идеи, как такие молекулы должны быть устроены. Однако, если придумать процедуру отбора, их можно выделить по принципу требуемых свойств, а затем уже заняться и вопросом, как эти свойства достигаются. Продемонстрируем это на примере выделения РНК, способных связываться с клеточными мембранами и модулировать их проницаемость. Древние рибоциты должны были поглощать «питательные» вещества из окружающей среды, удалять продукты метаболизма и делиться в ходе размножения.
И все эти процессы требуют управления проницаемостью мембран. Поскольку мы полагаем, что никаких других функциональных молекул, кроме РНК, в рибоцитах не было, какие-то РНК обязательно должны были взаимодействовать с мембранами. Однако с химической точки зрения они совершенно не подходят для роли регуляторов проницаемости мембран. Мембраны современных клеток и липосом, построенные из жирных кислот, несут отрицательный заряд. Поскольку РНК также заряжены отрицательно, то по закону Кулона они должны отталкиваться от липидной поверхности и тем более не могут проникать в глубь липидного слоя. Эти положительно заряженные ионы могут играть роль мостиков, располагаясь между отрицательно заряженными группами на поверхности мембраны и фосфатными группами нуклеиновой кислоты. Так маленькие враги привязали Гулливера к земле множеством тоненьких веревок. Тут и помог исследователям метод молекулярной селекции. Из библиотеки РНК удалось выделить не-сколько молекул, которые очень успешно связывались с мембранами, а при достаточно высокой концентрации — даже разрывали их! Эти РНК обладали необычными свойствами.
Они как бы помогали друг другу: смесь молекул разных сортов связывалась с мембранами гораздо лучше, чем молекулы одного сорта. Все стало ясным после изучения вторичных структур этих РНК. Этот механизм мог использоваться и для удерживания эволюционирующих систем РНК в виде колоний на поверхностях еще до того, как эти системы обзавелись изолирующей мембраной. Множество данных свидетельствует о том, что «мир РНК» действительно существовал. Правда, не совсем ясно — где.
В процессе дальнейшей эволюции, как утверждается, и возникла современная белковая жизнь. К сожалению, эта стройная гипотеза имеет свои недостатки. Ее противники указывали на то, что формирование рибонуклеотидов, при полимеризации которых образуется РНК, «традиционным» образом — из остатка фосфорной кислоты, сахара рибозы и азотистого основания — едва ли могло произойти в естественных условиях.
Английские исследователи доказали, что синтез рибонуклеотидов можно провести и другим путем, без участия рибозы и оснований. Для осуществления реакции, предложенной учеными, требуются цианамид на схеме обозначен цифрой 4 , цианоацетилен 3 , гликолевый альдегид 7 , глицеральдегид 6 и неорганический фосфат 2 — молекулы, нахождение которых на первобытной Земле оценивается как весьма вероятное.
Команда Джеральда Джойса, президента Института им. Однако все попытки получить в лаборатории версии, способные реплицировать крупные молекулы, оборачивались неудачей — они не обладали достаточной точностью. За многие поколения они накопили так много ошибок, что не походили на изначальные последовательности и полностью потеряли свою функциональность. Однако разработанная недавно в лаборатории Института Солка рибозома оказалась иной — она содержала ряд важных мутаций, позволяющих копировать последовательность РНК с куда большей точностью. Испытания показали, что полученная рибозома не только повторяет функции оригинальной, но и со временем у нее возникают новые вариации. Благодаря новым мутациям им стало легче реплицироваться, то есть они приобрели эволюционное преимущество.